目次
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| ポケモン名 | 採り方 |
| ディアルガ | エンディング後 |
| ヨノワール | エンディング後 |
| ユンゲラー | キザキの森、依頼 |
| レントラー | エレキ平原 |
| リオル | 時の探検隊のみ、水晶の洞窟 |
| スイクン | 訓練所さいごのまの２８階 |
| ファイヤー | 訓練所さいごのまの４０階 |
| アグノム、ユクシー、エムリット | クリア後にバトルに勝つ(時々） |
| ジラーチ | 訓練所さいごのまの２３階 |
| ダークライ | 条件は不思議な石版 出現場所：クレバスの洞窟(奥の２Ｆ)直前にガルーラ石像 |
| ミュウツー | やみのかこうのB6Fに出た条件は謎のパーツ |
| ラティアス、ラティオス | そらのさけめ：ラティアス(10F)、ラティオス(最深部5F) |
| ミュウツー | やみのかこう：ミュウツー(7F/闇限定)、エンテイ(最深部10F) |
| セレビィ | しんぴのもり：セレビィ(10F/時限定) |
| サンダー | エレキへいげん：サンダー(7F) |
| ルギア | とざされたうみ：ルギア(18F) |
| ホウオウ | かぜのれいほう：ホウオウ(19F) |
| ラティオス | あんやのもり：ラティオス |
| ラティアス | しあわせみさき：ラティアス |
| デオキシス | かがやきのおか：デオキシス(17F) |
| ライコウ | かくされたいせき：ライコウ(20F) |